抗疫期间，他率领南昌大学二附院抗击新冠肺炎援助湖北国家医疗队137名队员抵达武汉投身一线救治工作，先后转战整建制接管武汉协和医院肿瘤中心第15重症病区和武汉大学人民医院东院区整建制接管第25重症病区，全力救治病人，达到“病人零死亡、出院病人零返院、医护人员零感染”的“三零”目标。

　　挂帅出征，一线战斗。2月12日晚，他带领医院137名医务人员出征武汉。进驻武汉后，徐建军立刻进入工作节奏，组建了坚强有力的临时党支部。先后召开了3次支委会，对诊治区域划分、防护流程、诊疗规范、收治制度、人员组织等各项工作做出周密部署。在他的带领和统筹布置下，确立了“防治并重”的医疗宗旨，制定了业务培训计划、相应的诊治制度、每日医护组长联席会议制度、每周大查房制度、建立医疗质控体系和规范的医务管理，从制度上保障医疗质量。由于治疗方案有效，所接管的病区内多位重型患者已成功转为普通型和轻型，治疗成效显著。其中来自二附院的一项专利技术-简易呼吸器，应用于新冠肺炎需要氧疗的患者，取得了非常的疗效。

　　以身作则，凝聚合力。在徐建军带领下，医疗队全员均以高度重视的使命感全身心投入，徐建军为了及时做好各项组织协调工作，更是每天睡眠时间不超过四小时。在武汉一线，为保障队员补给，队长徐建军也亲自出马，主动与驻地政府部门及受援医院对接，协调防护物资和生活物资的供应，保障了医疗队防护物资的及时到位。设置了“外援天使爱心超市” ，满足一线队员生活需求。