发布时间:2020-03-10 10:07 | 来源:科技日报 2020年03月10日 第04版 | 查看:543次
成科轩 本报记者 盛 利
这几天,在成都市疾病预防控制中心新冠肺炎疫情应急指挥中心内,应急与业务管理办公室主任庹晓莉正紧盯着“新冠肺炎密切接触者采集分析系统”,一刻不松懈地工作着。作为成都市战“疫”的众多数据“大脑”之一,这套新系统从研发到上线,仅用了72小时。
从构建患者接触者实时采集分析系统,到掌握疫情的流行特征,再到分析疫情时空分布规律……由成都市科技局支持的“成都地区新型冠状病毒疫情应急响应模式的构建及应用”应急科技攻关项目,正在成都市疾控中心加紧推进。而作为项目实施的“排头兵”,该中心科研人员正与时间赛跑,在科研一线战“疫”。他们中有人已“连轴转”了1个多月,有人每天工作超过16个小时,密密麻麻的数据表格、数不清的深夜加班……近日,科技日报记者走近了这个用科技赋能战“疫”的特殊群体。
72小时诞生实时采集分析系统
在办公室里,庹晓莉需要一直对着电脑,紧盯着各种跳动的数据。从SARS暴发到“5·12”特大地震,从禽流感到甲型H1N1流感疫情,她一直是成都市突发公共卫生事件的“逆行战士”。
庹晓莉驻守的新型冠状肺炎疫情应急指挥中心,是疾控指挥调度及信息汇总分析的枢纽,公众高度关注的每日疫情数据即来源于此。疫情发生后,她每天工作超过13个小时,有时候甚至通宵加班,电话24小时在线,已成为她工作的常态。
在对密切接触者的追踪管理中,如何精准地实现信息共享和统计分析,是疫情决策的关键之一。“最开始我们采取用人工统计报表的方式,但随着病人增多,密切接触者数量愈发庞大,这给仅9人的追踪统计工作组带来挑战。”庹晓莉说,在应急攻关项目的支持下,团队在已有的疾病监测系统上,仅仅用了72小时,就研发完成了“成都市新型冠状病毒肺炎病例及密切接触者实时采集分析系统”的1.0版,它首次将所有确诊病例、疑似病例及密切接触者纳入一个完整的数据库,实现分级分类管理,快速追踪。
“时间就是生命,我们必须分秒必争。”庹晓莉说,该系统研发期间,团队成员每天都在紧张的防疫工作之余,“见缝插针”地商量、讨论、修改,目的就是让它能够尽快上线。
目前,该系统管理的密接者累计已达到6000多人,庹晓莉仍在研发一线发力。“系统将继续丰富信息采集、统计分析等功能,并实现数据可视化呈现,把‘枯燥’的数字代表的意义表达出来。”庹晓莉说。
5小时内即可出接触者“人物关系图”
“过去14天去了哪些地方?搭乘了哪些交通工具?接触了哪些人?”“吃饭的时候和谁坐在一起,和谁说了话?”疫情暴发后,岳勇所带领的成都市疾控中心流行病学调查组,正奔波在各处医院、隔离点。而这样的现场调查,短则2—3小时,多则3—5小时。
隔着密不透风的防护服,艰难地记录着每一次问答,分析着每一份数据和表格,岳勇只为找到疫情传播的“蛛丝马迹”,迅速确定所有密切接触者。
岳勇,是成都市疾控中心流行病学调查组副组长、传防科副科长。从1月15日起,他与他科室的12名“战友”,就全部进入了“备战”状态:白天,在疫情一线,询问确诊和疑似病例过去14天的活动轨迹和接触人员,展开流行病学调查;晚上,在办公室形成调查报告,分析可能的感染来源,初步预判高危风险的密切接触者。
“从某种意义上来讲,流行病学调查与刑警办案一样,越快地排查锁定‘嫌疑人’,就越有利于案件侦破或减少案件再发。”岳勇说,团队会把疑似或确诊病例的行动轨迹、传染案例画成关系图,分析成都所有确诊病例传染路径、地区分布、人群特点;然后通过大数据,最终形成“流调”报告,提出合理的预防对策和健康服务措施。
“目前我们对新冠病毒的了解有限,还需要不断地加深认识,调查越深入、信息越细致,才能尽快掌握一手资料。”岳勇说。
用GIS系统探索病毒时空分布规律
在疾控中心微检科收样室,成都市疾控中心科研教育信息管理科副主任杜长慧正在审读“流调”报告。在已掌握的数据基础上,如何对病毒规律形成进一步的系统认识?杜长慧团队正与微生物检验部门协作,借助GIS(地理信息)系统,结合病原基因测序与进化分析,对病毒传播进行分子溯源,探索病例的传播模式及病毒进化的时空分布规律。
作为项目牵头人之一,杜长慧团队曾计划在成都地区将诺如病毒的分子流行病学研究引入GIS系统,研究病毒进化时空分布规律。
“它既可从整体探索疫情的时空分布规律,从群体角度构建时空分析模式;也可以从个案出发,构建个体传播轨迹展示技术。”杜长慧说。
经过前期收集病例和密接的流行病学信息、采集病例的标本等,未来科研团队还将建立基因测序方法,挑选合格标本进行测序与进化分析,整理并数字化流调信息,最终在GIS系统和分子溯源技术的助推下,展示新冠病毒的传播模式及病毒进化的时空分布规律。
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